ספרו פורץ הדרך והמרתק של יגאל בן-נון מציע קריאה חדשנית בטקסט המקראי; הוא מנתח אותו בגישה ביקורתית על סמך הישגי המחקר ההיסטוריוגרפי, האפיגרפי והארכיאולוגי. במרכזו הוא מציב את שלטון יאשיהו ואת הסופר שפן בן אצליהו ובני חוגו כנקודת מפתח לפיענוח הפולחן הישראלי והיהודאי. בין חידושי הספר אפשר לציין את המסקנות הבאות בתחום הפולחני וההיסטוריוגרפי: בכל הספרייה המקראית אין כמעט זכר לאמונה באל אחד, אוניברסלי, מופשט אשר שולל את עצם קיומם של אלים אחרים; במהלך כל תקופת המלוכה עד התקופה הפרסית ישראלים ויהודאים עבדו אלים רבים; בבית המקדש בירושלים הוצבו פסלי יהוה, אשרה ואלים נוספים והעם השתחווה להם; יהוה הוא אל חדש שמוצאו מצפון ערב והגיע לכאן לא לפני ימי יהושפט ובית עומרי; ליהוה הייתה בת זוג, אשרה; שפן בן אצליהו יזם רפורמה תאולוגית-פוליטית וחיבר את עקרונותיה בספר דברים; הרפורמה הפולחנית מימי יאשיהו נכשלה אבל השפיעה על הולדת היהדות; האמונה באל עליון בורא שמים וארץ התפתחה בהשפעת התרבות הפרסית; בתקופת המלוכה ועד התקופה הפרסית לא התקיימה ברית מילה ולא היו איסורי אכילה; הדת היהודית נולדה רק לאחר הפסקת הקורבנות בתקופה הרומאית, במקביל לתפוצת הנצרות.

ביחס למחקר ההיסטוריוגרפי טוען יגאל בן-נון שהישראלים הם כנענים אוטוכטונים, הם אינם עבדים שברחו ממצרים; לישראלים קשרי דם הדוקים עם ארמים, חיתים, אדומים, מדיינים, מואבים ועמונים; המונח עברים במקרא הוא שם גנאי בפי מצרים ופלישתים; דוד ושלמה מעולם לא שלטו על ממלכת ישראל; סיפורי דוד ושלמה הם נובלות היסטוריות שמטרתן לבנות עבר מפואר ליהודה; שושלת בית דוד לא הייתה נצחית; מסורות מנוגדות מרכיבות את ספרי המקרא ומתחרות ביניהן; תאוריית ארבע התעודות הגיעה למבוי סתום ויש לזנוח אותה.