ספרו פורץ הדרך והמרתק של יגאל בן-נון מציע קריאה חדשנית בטקסט המקראי; הוא מנתח אותו בגישה ביקורתית על סמך הישגי המחקר ההיסטוריוגרפי, האפיגרפי והארכיאולוגי. במרכזו הוא מציב את שלטון יאשיהו ואת הסופר שפן בן אצליהו ובני חוגו כנקודת מפתח לפיענוח הפולחן הישראלי והיהודאי. בין חידושי הספר אפשר לציין את המסקנות הבאות בתחום הפולחני וההיסטוריוגרפי: בכל הספרייה המקראית אין כמעט זכר לאמונה באל אחד, אוניברסלי, מופשט אשר שולל את עצם קיומם של אלים אחרים; במהלך כל תקופת המלוכה עד התקופה הפרסית ישראלים ויהודאים עבדו אלים רבים; בבית המקדש בירושלים הוצבו פסלי יהוה, אשרה ואלים נוספים והעם השתחווה להם; יהוה הוא אל חדש שמוצאו מצפון ערב והגיע לכאן לא לפני ימי יהושפט ובית עומרי; ליהוה הייתה בת זוג, אשרה; שפן בן אצליהו יזם רפורמה תאולוגית-פוליטית וחיבר את עקרונותיה בספר דברים; הרפורמה הפולחנית מימי יאשיהו נכשלה אבל השפיעה על הולדת היהדות; האמונה באל עליון בורא שמים וארץ התפתחה בהשפעת התרבות הפרסית; בתקופת המלוכה ועד התקופה הפרסית לא התקיימה ברית מילה ולא היו איסורי אכילה; הדת היהודית נולדה רק לאחר הפסקת הקורבנות בתקופה הרומאית, במקביל לתפוצת הנצרות.

ביחס למחקר ההיסטוריוגרפי טוען יגאל בן-נון שהישראלים הם כנענים אוטוכטונים, הם אינם עבדים שברחו ממצרים; לישראלים קשרי דם הדוקים עם ארמים, חיתים, אדומים, מדיינים, מואבים ועמונים; המונח עברים במקרא הוא שם גנאי בפי מצרים ופלישתים; דוד ושלמה מעולם לא שלטו על ממלכת ישראל; סיפורי דוד ושלמה הם נובלות היסטוריות שמטרתן לבנות עבר מפואר ליהודה; שושלת בית דוד לא הייתה נצחית; מסורות מנוגדות מרכיבות את ספרי המקרא ומתחרות ביניהן; תאוריית ארבע התעודות הגיעה למבוי סתום ויש לזנוח אותה.

הפירוש רואה אור בסדרת ´מקרא לישראל´, סדרת פירושים מדעיים למקרא שמחבריהם הם חוקרים נודעים באוניברסיטאות בישראל ובחו"ל. הפירושים נכתבו תוך ניצול מרבי של מיטב הפרשנות המסורתית היהודית ומחקר המקרא המדעי המודרני, והמקצועות התורמים להבנת המקרא על רקע תרבויות המזרח הקדום, הבלשנות והארכיאולוגיה של האזור ותולדותיו, וחקר הספרות.
ספר דברים, החומש החמישי של התורה, קרוי גם "משנה תורה". עיקרו הוא נאום ארוך שנשא משה באוזני בני ישראל בערבות מואב ערב כניסתם לארץ כנען. אבל הספר אינו חזרה על ארבעת החומשים שלפניו. יש שהוא מוסיף על האמור בהם או מציג את המסופר מזווית שונה, או אף מציג גרסה מנוגדת למסופר בחומשים שקדמו לו. לפי המסופר במלכים ב´ פרק כב´ הספר נמצא במהלך השיפוצים במקדש בימי יאשיהו מלך יהודה בשנת 622 לפני הספירה. חוקי ספר דברים הם ההתגלמות המפותחת ביותר של דאגת התורה לעניים ולשכבות החלשות בחברה. ייחודו של הספר היא הדרישה האולטימטיבית של ריכוז הפולחן במקדש ירושלים, היינו ביטול כל מקומות הפולחן המקומיים, למה הדבר דומה? לביטול כל בתי הכנסת וריכוז עבודת האל בבית כנסת מרכזי בירושלים! אכן דרישה מהפכנית!חכמי ישראל לדורותיהם נזקקו להסבר הסתירות שבין המצוות והתפיסות שבארבעת החומשים הראשונים לחומש החמישי. פרשנות מיישבת זאת ניכרת כבר במקרא עצמו, בייחוד בספר דברי-הימים שמסוף תקופת פרס. הפירוש שלפנינו מתמודד עם סתירות אלה כפי שהוסברו על ידי חכמי ישראל במשך הדורות, עומד עליהן, ומסבירן בהתאם למחקר המדעי העכשווי, ומסביר כיצד התפתחו ההלכות של ספר דברים במסורת ישראל. הפירוש שלפנינו מתייחס לרקע ההיסטורי של הספר, ללשונו ולצורתו הספרותית, ועומד על פירוש הכתובים לפי הפשט.