ספרו פורץ הדרך והמרתק של יגאל בן-נון מציע קריאה חדשנית בטקסט המקראי; הוא מנתח אותו בגישה ביקורתית על סמך הישגי המחקר ההיסטוריוגרפי, האפיגרפי והארכיאולוגי. במרכזו הוא מציב את שלטון יאשיהו ואת הסופר שפן בן אצליהו ובני חוגו כנקודת מפתח לפיענוח הפולחן הישראלי והיהודאי. בין חידושי הספר אפשר לציין את המסקנות הבאות בתחום הפולחני וההיסטוריוגרפי: בכל הספרייה המקראית אין כמעט זכר לאמונה באל אחד, אוניברסלי, מופשט אשר שולל את עצם קיומם של אלים אחרים; במהלך כל תקופת המלוכה עד התקופה הפרסית ישראלים ויהודאים עבדו אלים רבים; בבית המקדש בירושלים הוצבו פסלי יהוה, אשרה ואלים נוספים והעם השתחווה להם; יהוה הוא אל חדש שמוצאו מצפון ערב והגיע לכאן לא לפני ימי יהושפט ובית עומרי; ליהוה הייתה בת זוג, אשרה; שפן בן אצליהו יזם רפורמה תאולוגית-פוליטית וחיבר את עקרונותיה בספר דברים; הרפורמה הפולחנית מימי יאשיהו נכשלה אבל השפיעה על הולדת היהדות; האמונה באל עליון בורא שמים וארץ התפתחה בהשפעת התרבות הפרסית; בתקופת המלוכה ועד התקופה הפרסית לא התקיימה ברית מילה ולא היו איסורי אכילה; הדת היהודית נולדה רק לאחר הפסקת הקורבנות בתקופה הרומאית, במקביל לתפוצת הנצרות.

ביחס למחקר ההיסטוריוגרפי טוען יגאל בן-נון שהישראלים הם כנענים אוטוכטונים, הם אינם עבדים שברחו ממצרים; לישראלים קשרי דם הדוקים עם ארמים, חיתים, אדומים, מדיינים, מואבים ועמונים; המונח עברים במקרא הוא שם גנאי בפי מצרים ופלישתים; דוד ושלמה מעולם לא שלטו על ממלכת ישראל; סיפורי דוד ושלמה הם נובלות היסטוריות שמטרתן לבנות עבר מפואר ליהודה; שושלת בית דוד לא הייתה נצחית; מסורות מנוגדות מרכיבות את ספרי המקרא ומתחרות ביניהן; תאוריית ארבע התעודות הגיעה למבוי סתום ויש לזנוח אותה.

מונחים רבים שהם כיום חלק טבעי של השפה היו מחוץ לעולמו של הסופר המקראי. כך למשל גלקסיה ודנ"א לא היו ידועים בתקופה הקדומה ומשום כך אינם חלק מהשפה התנ"כית. לעומת זאת, ת אחרות, מושאם ונושאם של סיפורי תנ"ך לא מעטים.

להציל את המונותאיזם - מבוא לגיור חברתי. פרופ´ מרדכי רוטנברג מרחיב את מושג הצמצום שפיתח,

מה פשר תפקידה המכריע של המילה הכתובה בתולדות היהודים? האם חילונים יכולים להישאר

ספר זה הוא שעתוק של חמש המגילות: שיר השירים, רות, קהלת איכה ואסתר 

נשמת המשנה פותח צוהר לעולמה המיוחד של יצירה יהודית קדומה. לבקיאים בה הוא מאפשר מפגש מיוחד במינו המוביל לגילוי פנים חדשות; ולמי שנחשף אליה לראשונה זוהי הזדמנות נפלאה למפגש ידידותי ראשון עם המוסר, תורת החיים ואהבת האדם שבה.
*
"המשנה כספר בסיס להלכה נלמדת בבתי ישראל מאות בשנים. ב´נשמת המשנה´ אנו שומעים לא רק את שפת החוק, אלא את נפש היוצר ואת זרימת המחשבה המאגדת את מחשבת ההלכה. שפת החוק — מדודה וקצובה. שפת היצירה של ´נשמת המשנה´ – כולה זרימה ותנועת מחול וקשב אל החיבור שבין אדם לאלוהיו."
הרב ד"ר בני לאו, ראש מיזם 929 — תנ"ך ביחד
"לנו, בוגרי החינוך הממלכתי בישראל, שגדלנו על המקרא, הספר הזה מאפשר חלון הצצה לאוצר שהוא בה בעת לא מוּכּר, ושלנו. יעקב נגן עושה זאת בבקיאות רבה, ברגישות ספרותית ובקשב

עלילת אקהת היא יצירה אפית שנמצאה בחפירות הארכיאולוגיות של העיר הקדומה אוגרית. העיון ביצירה מגלה לקורא זיקה הדוקה ורבת רבדים אל ספרות המקרא, לכל אורכה ורוחבה.

ביאורו של ר´ מרדכי בן אליעזר כומטינו למורה הנבוכים לרמב"ם